O Programa de Pós-graduação em Farmacologia e Química Medicinal (PPGFQM) realiza dois processos seletivos por ano, disponibilizando 20 vagas por semestre para o curso de Mestrado e 20 por semestre para o curso de Doutorado, das quais 20% são destinadas a ações afirmativas para ingresso por meio da modalidade de reserva de vagas para pessoas candidatas negras ou pardas ou indígenas. Excepcionalmente, quando o número de aprovados é inferior ao número de bolsas disponíveis, seleção extraordinária pode ser realizada.

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A seleção de Mestrado é realizada em 2 etapas: uma prova de conhecimentos específicos, de caráter eliminatório, e uma entrevista onde são avaliados o currículo do candidato, a apresentação e defesa do projeto de dissertação; A seleção de Doutorado é realizada em uma etapa pautada na entrevista do candidato, onde são avaliados de forma comparativa o currículo do candidato, a apresentação e defesa do projeto de Tese.

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Os candidatos para seleção de Mestrado e de Doutorado são submetidos a prova de proficiência da língua inglesa.

Detalhes sobre o processo seletivo podem ser obtidos nos respectivos editais de seleção.​​