O processo de autoavaliação do PPGFQM foi programado em duas etapas. A primeira, focada na avaliação do corpo docente do Programa, foi realizada no período de 26 de abril a 07 de junho de 2023 e integrou o processo de recredenciamento de todo corpo docente (permanente e colaborador) do PPGFQM.  A comissão de avaliação, 100% externa, foi composta pelos Professores: 1.Bruno Lourenço Diaz (IBCCF, UFRJ); 2. Elvira Maria Saraiva (Microbiologia, UFRJ); 3. Flavia C. A. Gomes (ICB, UFRJ); 4. Robson de Queiroz Monteiro (BioqMed, UFRJ) e 5. Teresa Dalla-Costa (FCF, UFRGS), todos com experiência prévia em coordenação de Programas de Pós-graduação. Após o trabalho da comissão de recredenciamento foi emitido um parecer geral e pareceres individuais, alertando para as fraquezas e fortalezas de cada docente do Programa.

 
A segunda etapa de autoavaliação foi pautada no processo de avaliação discente sobre o Programa. Para tanto, formulário on-line foi elaborado pela coordenação do Programa com auxílio de sua comissão deliberativa e de sua comissão discente, contendo perguntas específicas sobre as seguintes dimensões do Programa: 1.  Características do corpo discente (gênero, deficiência física, raça, nacionalidade, naturalidade, aspectos socioeconômicos, formação escolar etc.); 2) Processo Seletivo; 3) Corpo Docente; 4) Secretaria e Coordenação; 5) Cursos e Disciplinas; 6) Infraestrutura; 7) Atividades de Integração; 8) Impactos da Pandemia.

O link para o formulário foi encaminhado pela coordenação ao Email de cada estudante do PPGFQM, historiando a importância do processo de autoavaliação e solicitando a participação anônima de cada um deles. Após o prazo sinalizado para a avaliação,  91.9% do corpo discente preencheu o formulário e o resultado da autoavaliação discente encontra-se mostrado nos gráficos abaixo.